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            【文匯報】燕麥怎樣“抗病”?韓斌院士研究組合作完成燕麥基因組草圖繪制并破解謎團

            文章來源:分子植物科學卓越創新中心  |  發布時間:2021-05-09  |  【打印】 【關閉

              

              2021年5月7日,中國科學院分子植物科學卓越創新中心(CEMPS)、中國科學院-英國約翰英納斯中心植物和微生物科學聯合研究中心(CEPAMS)韓斌研究團隊與英國約翰英納斯中心John Innes Centre(JIC)Anne Osbourn研究團隊合作完成了禾本科、燕麥屬一年生草本植物二倍體燕麥Avena strigosa基因組序列草圖的繪制,并完整地解析了抗微生物防御化合物燕麥素的生物合成基因簇。相關研究成果論文在線發表于國際學術期刊《自然·通訊》上。

              真核生物中非隨機組織的基因在基因組進化和功能中起著重要作用。絕大多數真核生物基因組中并沒有操縱子,但它們又的確包含了一些序列不相關而功能相關并且在物理位置上成簇存在的基因。這些“類操縱子”基因簇中,最引人注目的例子就是植物體內合成特殊代謝產物的基因簇。已有證據表明,這些cluster途徑并不是通過微生物水平基因轉移而產生,但目前人們對其真實的形成機制卻知之甚少。燕麥素是燕麥屬中特異存在的一類抗微生物防御化合物,其生物合成途徑也是最典型的植物生物合成基因簇之一。

              韓斌研究團隊選用了能在根尖特異合成燕麥素的二倍體燕麥物種Avena strigosa,運用三代測序技術Nanopore并輔助光學圖譜技術BioNano DLS,以及Hi-C染色體構象捕獲技術成功完成了該燕麥基因組高質量染色體級別組裝,組裝基因組3.53Gb,scaffold N50高達73.4 Mb。燕麥基因組中重復序列大約占基因組的81.1%,結合從頭預測、同源蛋白信息以及轉錄組數據共注釋了34,928 個高可信度基因。

              本研究基于組裝獲得的全基因組信息完整的解析了燕麥素合成基因cluster,確定了燕麥素合成通路的最后兩個缺失步驟,并通過本氏煙草瞬時表達重構了整個合成途徑。該研究還對基因簇的起源及不同燕麥品種間的差異進行了比較分析?;蚪M組裝和DNA 熒光原位雜交(FISH)結果均表明,燕麥素合成基因cluster位于1號染色體長臂末端的亞端粒區域,并且該基因簇特異存在于燕麥屬中。該研究工作為真核生物的基因組可塑性和適應性進化提供了新的見解,為改良小麥和其它谷物抵抗全蝕病和其它疾病提供了分子依據。

              中國科學院分子植物科學卓越創新中心韓斌研究組的高級工程師李艷、研究員趙強以及英國約翰英納斯中心Aymeric Leveau博士是論文的共同第一作者。中國科學院分子植物科學卓越創新中心韓斌研究員、英國約翰英納斯中心Anne Osbourn教授為共同通訊作者。這項研究受到中國科學院-英國約翰英納斯中心植物和微生物科學聯合研究中心(CEPAMS)、英國生物技術和生物科學研究委員會(BBSRC)、中國科學院國際合作計劃(IPP)和國家自然科學基金委項目的資助。

              文章鏈接:http://wenhui.whb.cn/zhuzhanapp/kjwz/20210509/403875.html?timestamp=1620649978749

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